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一般软件 蛋白质相关 核苷酸相关 分子进化 蛋白质残基网络 抗病毒药物设计 计算机辅助疫苗设计 药物和抗体数据库    

 

分子进化软件

     

   

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Gblocks
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从多个比对中选择保守的区块以用于系统发育分析

Gblocks (Linux, windows), 还有web版本

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DAMBE
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核苷酸替换饱和度检测

建树都有一定的前提,比如:对于核苷酸序列,其中最主要是序列饱和度检验(Test of substitution saturation)。如果建树所用的序列已趋于饱和状态,就没有完全必要建树。
DAMBE就是用来做饱和度检验的工具。

DAMBE (windows,Linux版本都有)

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Asatura
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氨基酸饱和度检测

Asatura.rar 0.2MB (高芳釜)

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BEAST2
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BEAST2 || online manual of BEAST2

Tutorials (看这个)

分化时间分析—beast2软件介绍

基于beast2软件的分化时间分析

Introduction to BEAST2

BEAST 分析 FAQ

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jModelTest
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核苷酸替换模型选择

jmodeltest-2.1.7-win.tar.gz (9.2MB

jModelTest v2.1.10

jModelTest 2.1.10 Full release (tar.gz)

jModelTest 2.1.10 Manual (pdf)

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FigTree
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FigTree || 用FigTree构建柱状进化树

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ModelTest-NG
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ModelTest-NG: A New and Scalable Tool for the Selection of ...

ModelTest-NG

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TempEst
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TempEst || TempEst paper

RDP4 | 指南 | RDP4 Instruction Manual

Evolview || 使用evolview美化进化树

利用Evolview美化进化树教程和使用方法

进化树进阶:Evolview高级使用

PhyML 3.0 || Mesquite

DnaSP ||

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ModelFinder
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ModelFinder

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IQ-TREE
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Documentation

IQ-TREE Tutorials and Manual in one PDF

IQ-TREE的使用 - 超快速用极大似然法构建进化树

使用IQ-TREE构建系统进化树

新一代建树工具IQ-Tree介绍

基于ML法重建系统发育树-IQ-TREE篇

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modelgenerator
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核苷酸和氨基酸替代模型选择工具

modelgenerator_v_851.zip0.8MB (高芳釜)

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SimPlot
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基因重组分析及检验图解教程(Simplot 篇)

手把手教你使用Simplot

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modeltest
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核苷酸模型选择(48种)
modeltest3.7.zip0.9MB

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Arlequin
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Free Phylogenetic Network Software

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MrModeltest
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核苷酸模型选择(24种)
MrModeltest2.3.zip0.5MB

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TimeTree
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TimeTree || 原始文献

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MrMTgui
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进化模型选择工具

把PAUP,modeltestMrModeltest整合到一个图形工具里。

mrmtgui.zip 4.6MB (高芳釜)

图解核苷酸替代模型的选择 – MrMTgui 篇

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PAML
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paml

PAML Manual (pamlDOC.pdf) || || PAML FAQs (pamlFAQs.pdf)

PAML一般使用操作 || || PAML中文手册 || || PAML-中文说明

PAML中文手册

 

比较基因组分析之正选择分析(dN/dS或ka/ks计算原理) (video)

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PAUP
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PAUP 4.0 4.0b10 特别版

paupwin32_4b.rar1.3MB (高芳釜)PAUP4 注册版(经典)

PAUP基本使用说明

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PhyML

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官网

使用 PhyML 构建进化树

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MEGA-X
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MEGA-X

如何使用MEGA软件构建系统发育树

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RAxML
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RAxML || RAxML v8.2.X Manual

RAxML version 8(介绍)

用RAxML构建极大似然进化树

用在线RaxML构建系统发育树

上图是在高芳釜博士的流程图基础上修改的,特此致谢。

高芳銮的博客

   
核苷酸替代模型的选择  
图解核苷酸替代模型的选择 - jModelTest 篇  
   

 

 

 

 

 

 

我们的研究重点

我们以S蛋白为研究重点,以冠状病毒中和抗体筛选为主要探索方向。

 

 

上海市浦东新区沪城环路999号