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一般软件 蛋白质相关 核苷酸相关 分子进化 蛋白质残基网络 抗病毒药物设计 计算机辅助疫苗设计 药物和抗体数据库    

 

 

 

 


药物数据库

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DrugBank
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DrugBank数据库是独特的生物信息学和化学信息学资源,将详细的药物数据与全面的药物靶标信息结合在一起。

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ChEMBL
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ChEMBL是具有药物样特性的生物活性分子的手动管理(manually curated)数据库。 它汇集了化学,生物活性和基因组数据,以帮助将基因组信息转化为有效的新药。

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BindingDB
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BindingDB是一个公开的,可通过网络访问的测量结合亲和力的数据库,主要关注被认为是药物靶标的蛋白质与类似药物的小分子之间的相互作用。 BindingDB包含1,901,213个结合数据,涉及7,581个蛋白质靶标和843,550个小分子。

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Drug Repurposing Hub
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药物再利用中心是经过整理和注释的FDA批准的药物,临床试验药物和临床前工具化合物的收集,并带有相关的信息资源。

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SELLEKCHEM
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The IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY
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Therapeutic Target Database(TTD)
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BindingDB
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Binding Database(BindingDB)是加州大学圣地亚哥分校 Michael K.Gilson实验室发布的一个可公开访问的主要收集药物靶点蛋白质和类药小分子之间相互作用亲和力的数据库。目的是使研究者更容易通过网络获取相关分子的非共价结合数据,从而促进药物研发和结合预测模型的构建。

BindingDB 的数据来自 PDB 相关文献报道数据、专利信息、PubChem BioAssays 数据和 ChEMBL 记录数据。亲和力数据来自多种测量技术,包括酶抑制活性和酶动力学、等温滴定量热法(isothermal titration calorimetry,ITC)、核磁共振(NMR)以及放射性配体竞争测定法等,数据的类型包括 Ki、IC50、Kd、EC50 等。

BindingDB同时提供通路信息、化合物 ZINC 编号以及其他信息。BindingDB 与 PDB、PubMed、DrugBank 等多个外部数据库网站进行整合,提供数据互访链接,同时其也是PDB数据库中受体-配体结合亲和力的数据来源之一。

BindingDB 自 2007 年发布以来,数据每周更新,用户可以通过靶点名称、靶点序列、药物名称、药物结构和通路信息等多种方式进行检索,同时提供数据库数据下载和网络服务应用程序编程接口(ApplicationProgrammingInterface,API),方便用户检索获取服务器数据。

数据库当前包含 6 929 个蛋白靶点和 505 999个小分子之间 1 161 912 个结合数据。在拥有亲和力值的蛋白质- 配体晶体复合物中有 2 291 个蛋白质拥有100% 的序列一致性,5 816 个蛋白质拥有 85% 的序列一致性。

 

抗体数据库

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SAbDab
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SAbDab: the structural antibody database

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Validated Antibody Database
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Antibody Related Databases and Software, ARP
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abYsis
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abYsis: Integrated Antibody Sequence and Structure—Management, Analysis, and Prediction

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Antibodypedia
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The Antibody Society
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kabat database
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免疫学数据库

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IMGT

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国际免疫遗传信息系统

 

抗体信息数据库(中文介绍)

 

 

抗病毒药物设计

致病病毒是人类健康的巨大威胁,自有记录的人类文明开始,死于病毒感染的人数以亿计。天花一度是文明社会的噩梦;1918年的西班牙大流感,导致近三千万人死亡;2014年非洲爆发的“埃博拉疫情”让世人闻之色变,而艾滋病毒、肝炎病毒等慢性致病病毒,不仅极大地威胁着人们的身体健康,也带来了诸多的社会问题。随着医药科技的发展,恶性致病病毒的致死率和流行面积大大下降,但致病病毒感染仍是人类健康的重大威胁,因此,对于抗病毒药物的研究开发,是极其迫切和重要的!

 

 

 

上海市浦东新区沪城环路999号