彭司实验室

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Linux或windows系统软件
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Muscle
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Muscle

Muscle manual

这里有三种比对方式，
一种是先比对，再生成树文件（树的格式是Newick format, ）
muscle -in mouse_J.pro -out mouse_J.pro.a
muscle -maketree -in mouse_J.pro.a -out mouse_J.phy （这里有两种构建树的方式）
另外一种是比对成aln格式的数据，然后用其它软件（phyml或者phylip）来生出树文件
muscle -in mouse_J.pro -clwout seqs.aln
是aln格式的比对文件，这个格式非常常用
第三种比对方式
输出phy格式的比对文件，
muscle -in mouse_J.pro -physout seqs.phy

如何精炼现有的比对结果？

muscle -in msa.afa -out refined_msa.afa -refine

如何合并两个比对结果？

muscle -profile -in1 one.afa -in2 two.afa -out both.afa

如何把一个序列数据合并到已经比对好的结果中？

muscle -profile -in1 existing_msa.afa -in2 new_seq.fa -out combined.afa

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在线软件
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Multiple Sequence Alignment

Clustal Omega （For preotein alignment）

MUSCLE （for DNA）

MAFFT （for DNA）

几个多序列比对软件：Muscle,ClustalW和T-coffee的简单比较

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ClustalW
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ClustalW

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T-Coffee
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T-Coffee