1. 徐煊宇, 上海海洋大学，生物技术，2016级本科生
SARS-CoV-2 S蛋白的分子进化与变异特征
摘要：SARS-CoV-2 是2019年底新发现的一种新型β-冠状病毒，具有高致病性，对人类健康构成严重威胁。在本文中，通过对该新病毒进行生物信息学分析，研究其S蛋白的分子进化和变异。使用从美国采样得213条SARS-CoV-2 样本，通过MCMC法分析其全基因组序列和S蛋白序列的进化速率，发现全基因组的进化速率高于S蛋白区域，且所得结果与之前研究相比，进化速率均较低。由于其与GenBank中多种蝙蝠SARS-like冠状病毒、SARS-CoV的序列高度相似，通过建立他们的系统发育树来研究SARS-CoV-2 S蛋白的选择性进化。根据研究结果，SARS-CoV-2的S蛋白存在明显的正选择，发现了12个具有统计学意义的阳性选择位点，其中3个位于S蛋白的受体结合域。此外，序列比对结果显示，213条SARS-CoV-2样本中已经出现多个非同义突变位点，根据序列同源性和氨基酸物理性质预测，存在会造成S蛋白结构和功能的突变。
2. 李思聪，上海海洋大学，生物技术，2016级本科生
HCoV-NL63刺突蛋白关键位点结构稳定性研究
摘要：对HCOV-NL63病毒的全基因组及其与受体连接的关键S蛋白进行测序比对，发现该病毒在S蛋白区域的核苷酸序列相似度较低，有突变存在，但是其S蛋白的氨基酸序列中却只有三个氨基酸位点发生突变，因此本论文中通过HCOV-NL63病毒S蛋白系统发育分析、利用pymol对三个突变位点构建蛋白质构象，分析其对于HCOV-NL63 S蛋白的影响、结合ProSNEx确定病毒-受体结合域热点残基，展开对于HCOV-NL63病毒特性及其与受体连接关键残基的研究。结果发现HCOV-NL63病毒S蛋白高度保守，已经发生的突变都是起稳定病毒S蛋白结构的作用，且该病毒表现出S蛋白越稳定其对于人类受体ACE2的亲和力越大，因此认为HCOV-NL63病毒将长期与人类共存且其侵入性及感染力度会逐步上升，定位受体ACE2上353、354位点为主要连接病毒的残基，病毒S蛋白RBM中的Aa494-499、Aa535-540为连接受体热点残基。
3. 赵婧颖，上海海洋大学，生物科学，2016级本科生
基于分子对接技术预测HCoV-HKU1 的受体结合位点
摘要：本文通过Autodock 软件进行分子对接，找出了HCoV-HKU1 的受体结合位点在其S 蛋白S1 亚
基的NTD 上的一个位点B（对应氨基酸残基80-95，25-32），并得到了该位点与9-氧乙酰化唾液酸的结
合模型。本文还讨论了HCoV-HKU1 S 蛋白S1 亚基的CTD 对于9-氧乙酰化唾液酸的结合能力，认为纯
化的CTD 的确具备与9-氧乙酰化唾液酸结合的能力，但在完整的S 蛋白中，其CTD 暴露在外的部分
与9-氧乙酰化唾液酸的结合能力不如NTD。因此，纯化的CTD 的确能抑制HCoV-HKU1 感染细胞，而
在完整的HCoV-HKU1 中，病毒利用NTD 上的B 位点结合受体。
4. 郑寅，海海洋大学，海洋生物，2016级本科生
冠状病毒遗传重组事件研究
摘要：为了更全面探究蝙蝠冠状病毒之间发生的基因重组事件和进一步了解和探究人类冠状病毒的动物传染源，本研究通过生物信息学软件包中的MEGA-X软件的系统发育树构建功能和RDP4软件所内含的的7种重组检测算法，对采集时间在2003年到2018年之间，以人类、蝙蝠、穿山甲、果子狸为宿主的19株冠状病毒毒株的全基因组序列进行了系统发育树构建和基因重组检测。基因重组分析的结果共检测到2株重组毒株和共计两种重组事件，两株重组毒株分别为MG772934、MG772933，每株毒株均检测出含有两种重组事件，重组毒株均为在舟山采集到的蝙蝠宿主冠状病毒序列，其重组区域所涉及到的基因组序列编辑片段为非结构蛋白，且重组切实改变了重组毒株所在的进化树分支。
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