AutoDock Vina
AutoDock Vina是一款由MGL实验室开发的分子对接软件。与AutoDock 4.0相比，AutoDock Vina提高了结合模式预测的平均准确度，通过使用更简单的打分函数加快了搜索速度，并且在处理约20个可旋转键的体系时仍然能提供重现性较好的对接结果。
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计算机辅助药物设计
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| Amber20 | DS | AutoDock Vina | CHARMM | GROMACS | GROMOS | PyMol |
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