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AmberTools20(官网)


Amber视频教程

AmberTools由几个独立开发的软件包组成,这些软件包可以单独使用,也可以与Amber20一起使用。 该套件还可以用于使用显式水或广义Born溶剂模型进行完整的分子动力学模拟。

Amber20 User manual (918页)

“与翼俱进”计算模拟amber

AMBER分子动力学模拟入门

 

AMBER基础教程B0:AMBER分子动力学模拟入门

 

Amber TUTORIAL B1: Simulating a DNA polyA-polyT Decamer

AMBER基础教程B3 色氨酸肽笼的全原子结构预测和折叠模拟

Amber基础教程B4:使用antechamber和GAFF模拟药物分子

Amber基础教程B5:模拟绿色荧光蛋白及构建修饰的氨基酸残基

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AMBER分子动力学简例

 

 

AMBER高级教程A1:模拟含有非标准残基的溶剂化蛋白(简单版本)

AMBER高级教程A2:耦合势的QM/MM(量子力学/分子动力学)模拟

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AMBER高级教程A12:使用Amber11处理聚脯氨酸

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AMBER高级教程A17: 伞形采样计算平均力势PMF

AMBER高级教程A24 使用FEW(Free Energy Workflow)工具计算自由能

 

 

 

AMBER

AMBER分子动力学程序包是由加州大学旧金山分校(University of California San Francisco,UCSF)的Peter A Kollman和其同事编写的,大约包含60多个程序,相互协调工作。

上海市浦东新区沪城环路999号