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最重要的几个数据库
| PubChem | ZINC | CheEMBL | BindingDB | DrugBank | QM9 | STITCH | SuperTarget |
蛋白质亲和力数据库
ATLASATLAS（改变的TCR配体亲和性和结构）数据库是一个人工选择的库，包含野生型和突变型T细胞受体（TCR）及其抗原、主要组织相容性复合体（MHC）呈现的肽的结合亲和性。该数据库将实验测量的结合亲和力与TCR-pMHC复合物的相应三维结构联系起来。 |
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PDBbind数据库的目的是为沉积在蛋白质数据库（PDB）中的所有生物分子复合物提供实验测量的结合亲和力数据的综合收集。它提供了这些复合物的能量和结构信息之间的重要联系，这有助于分子识别、药物发现等方面的各种计算和统计研究（参见PDBbind的已发表应用列表）。 PDBbind数据库最初由美国密歇根大学王绍猛教授的团队开发，于2004年5月首次向公众发布。该数据库目前由中国复旦大学药学院王仁孝教授的团队维护和进一步开发。PDBbind数据库每年更新一次，以跟上蛋白质数据库的增长。 |
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SKEMPI数据库包含突变时热力学参数和动力学速率常数变化的数据，用于蛋白质-蛋白质相互作用，复合物的结构已经解决，并可在蛋白质数据库中获得。 SKEMPI数据库包含突变时热力学参数和动力学速率常数变化的数据，用于蛋白质-蛋白质相互作用，复合物的结构已经解决，可在蛋白质数据库中获得。 |
药物-靶标亲和力预测数据集
| KIBA dataset |
| KIBA, Davis数据（GitHub） |
蛋白质数据库：
RCSB（3D结构数据库） ||AlphaFold预测蛋白质结构数据库 || SWISS-Uniprot综合蛋白质信息数据库 || NCBI—Protein
分子性质预测数据集
| QM7 | QM7b | QM8 | QM9 | |
分子生成相关数据集
| ZINC | CheEMBL | QM9 | PubChem | ExCAPE-DB （文章） |
| GDB-13 | GDB-17 | MEGx | DrugBank | MOSES |
参考：page 44
药物-靶标相互作用数据集
| STITCH | BindingDB | DrugBank | SuperTarget | |
| KIBA | Davis | Metz | ||
药物-药物相互作用数据集
参考： page 67
药物知识图谱数据集
参考： page 80